农村人居环境整治三年行动方案实施一年多来，亲见一个个生态宜居的村庄干净整洁、庭院优美、河流清澈、树木成林……农村环境的明显改善，让农民的幸福感、获得感、安全感和满意度显著提升。但是，一些地方仍然存在农村生活垃圾治理不够深入、农村改厕发展不平衡不充分、农村生活污水治理管运维体系建设有待加强等问题，需要持续深入推进。
发挥农民主体地位，激发村民参与农村人居环境治理的主动性，是有效治理农村人居环境的重要一环。专家认为，政府职能部门在落实农村人居环境治理责任的同时，还应采取切实措施，运用政策杠杆的“撬动效应”，教育、鼓励、引导农民积极参与到农村人居环境综合整治行动中来，从而养成自觉保护环境的习惯，让村民更有获得感。
目前，一些地方在推动农村人居环境整治过程中，注重发挥农民的主体作用，取得了较好的效果
农村人居环境整治行动让农村人居环境变得干净、整洁、漂亮，农民的生活、生产、生态条件越来越好。然而，一些地方的确还存在“重建设、轻管护”的现象，没有建立起符合实际的长效管护机制，导致农村脏乱差现象时有反复。
农业农村部副部长于欣荣表示，要强化农村人居环境整治长效机制建设，实现从“建起来”到“用起来”“管起来”的转变。指导各地加大投入力度，鼓励社会资本参与农村人居环境整治设施建设和运行管护，大胆探索、积极创新，努力推动形成共建、共管、共享的长效机制。
“农村人居环境整治不能简单照搬城市运营管护模式，要积极探索适合农村特点的多元化的农村人居环境整治模式。”中国农业大学经管学院教授李军认为，有些村集体经济发展好的地方可以采取村集体管护的方式，广泛发动农民群众参与农村人居环境的营运管护；有些地方可以采取市场化方式，鼓励各类龙头企业、社会组织、个人参与农村人居环境建设和运营管护。
此外，农村人居环境整治还要明确地方党委和政府以及有关部门、运行管理单位责任，建立有制度、有标准、有队伍、有经费、有督察的村庄人居环境管护长效机制。要鼓励专业化、市场化建设和运行管护，有条件的地区可推行城乡垃圾污水处理统一规划、统一建设、统一运行、统一管理；鼓励有条件的地区探索建立垃圾污水处理农户付费制度，完善财政补贴和农户付费合理分担机制。